这首诗描绘了诗人深夜在禅房中独自沉思的情景。首联“独坐迟迟漏转深，幽栖吾自爱空林”点明了环境的静谧与诗人的内心感受，通过“独坐”、“迟迟漏转深”、“幽栖”、“爱空林”等词句，营造出一种远离尘嚣、心灵归于宁静的氛围。

颔联“风摇宝树闻清籁，月满祇园见道心”进一步渲染了禅房内外的自然景象与诗人内心的体验。风声、月光、宝树、祇园等意象，不仅展现了自然之美，也暗示了诗人对佛法、道义的感悟和追求。这里的“清籁”和“道心”分别代表了自然界的和谐之声和内心的道德准则，体现了诗人对精神世界的向往与探索。

颈联“病骨岁时虚药裹，美人江海思瑶琴”则转入对个人境遇和情感的反思。通过“病骨”、“虚药裹”表现了身体的不适和生活的艰辛，而“美人江海思瑶琴”则表达了对远方、理想与美好事物的渴望，以及对友情、爱情的怀念。这一联既展示了诗人的现实困境，又寄托了他对精神慰藉和情感交流的期待。

尾联“凭阑怅望遥天末，楚水燕云半不禁”收束全诗，以“凭阑怅望”描绘了诗人站在窗前，面对遥远的天空，心中充满忧郁与思念。这里的“楚水燕云”可能象征着远方的朋友或亲人，表达了诗人对他们的思念之情，同时也流露出一种无法完全摆脱的孤独感和对现实的无奈。

整体而言，这首《禅房夜怀》通过细腻的笔触，展现了诗人深夜在禅房中的内心世界，从自然景观到个人情感，再到对精神追求的思考，层次丰富，情感真挚，是一首富有哲理性和抒情性的佳作。