这首诗描绘了诗人独自在山庄中，面对风雨之夜的内心世界。开篇“薄暮掩衡扉，独坐风雨夕”渲染出一种静谧而略带孤独的氛围，诗人闭门独处，与外界的风雨相对。接着“孤灯影明灭，虚檐声淅沥”进一步强化了这种孤独感，孤灯在风中摇曳不定，檐上的雨滴声显得格外清晰，营造出一种凄凉而又宁静的意境。

“拥炉拨寒灰，焚香玩周易”这一句展现了诗人在寒冷夜晚的取暖方式和精神寄托，通过拨弄炉火、焚香阅读《周易》来寻求内心的温暖与智慧。这不仅体现了诗人的生活情趣，也暗示了他对古代哲学的深刻理解和追求。

“岁序倏云暮，阴阳互相逼”表达了时间的流逝和自然界的循环更替，岁月匆匆，阴阳交替，寓意着生命的短暂与宇宙的永恒。接下来“山林深且密，久矣托心迹”则表明诗人对自然的亲近和内心的寄托，山林成为他心灵的归宿。

“有怀在何许，茫茫烟水隔”表达了诗人的思念之情，但这份情感似乎被遥远的距离所阻隔，显得既深情又无奈。最后“夜阑清不寐，曷以慰岑寂”点出了诗人难以入眠，内心感到孤独和寂寞，渴望找到心灵的慰藉。

整首诗通过细腻的描写和深刻的思考，展现了诗人面对自然与人生的复杂情感，既有对孤独的接纳，也有对智慧与自然的向往，以及对远方亲人的思念。诗中的意象丰富，情感真挚，体现了明代文人独特的审美情趣和哲学思考。