这首诗描绘了一幅隐逸生活的静谧画面，通过细腻的笔触展现了清源山房的幽静与主人石申卿的高洁志趣。

首联“洞壑肃阴阴，幽居讵可寻”，开篇即以“洞壑”、“阴阴”渲染了山房所在环境的深邃与幽静，暗示此处并非易于寻觅的凡间之地，而是远离尘嚣的隐逸之所。一个“肃”字，不仅描绘了环境的宁静，也暗含了主人心境的庄重与严肃。

颔联“松筠阅世古，鸡犬隔云深”，进一步深化了这一意境。松竹（松和竹）作为长寿与坚韧的象征，与“阅世古”相呼应，表明这里的主人历经沧桑，有着深厚的人生阅历。而“鸡犬隔云深”则以鸡犬之声相闻，却仿佛被云雾所隔，营造出一种超然物外的氛围，暗示着主人与世无争的生活态度。

颈联“尘满床头易，风鸣壁上琴”，通过对比尘土与风声，以及床头的易满与壁上琴声的悠扬，展现了两种截然不同的生活状态。尘土的堆积象征着外界的纷扰与俗世的喧嚣，而风中琴声则是主人内心世界的平静与高雅。这一联巧妙地表达了诗人对隐逸生活的向往与追求，以及对世俗生活的疏离感。

尾联“知为苍生出，那能甘陆沉”，直抒胸臆，表达了诗人对于出世与入世的思考。他知道自己的存在是为了苍生，为了社会的进步与发展，但同时也深知，真正的自由与解脱，或许只能在远离尘嚣的隐居生活中找到。这一联既是对自身选择的肯定，也是对理想与现实之间矛盾的深刻反思。

整体而言，这首诗通过对清源山房环境的描绘，以及对主人生活状态的刻画，展现了明代文人对于隐逸生活的向往与追求，同时也反映了他们对于社会责任与个人自由之间的复杂思考。